Date Log
SỬ DỤNG KỸ THUẬT TÍNH TOÁN MỀM DỰ ĐOÁN CẤU TRÚC BẬC HAI CỦA RNA
Corresponding Author(s) : Đoàn Duy Bình
Tạp chí Khoa học Xã hội, Nhân văn và Giáo dục,
T. 5 S. 4B (2015): TẠP CHÍ KHOA HỌC XÃ HỘI, NHÂN VĂN VÀ GIÁO DỤC
Tóm tắt
Dự đoán cấu trúc của RNA đóng vai trò quan trọng trong nghiên cứu các qúa trình của tế bào. Nhiều thuật toán đã được phát triển trong hai thập kỷ qua để dự đoán cấu trúc của chuỗi RNA đã biết trình tự sắp xếp nucleotide, nhưng đến nay vẫn còn nhiều vấn đề tồn tại. Phương pháp tiếp cận bằng toán mềm đã nhận được sự quan tâm của các nhà khoa học trong việc giải quyết các trường hợp phức tạp của chủ đề này. Ở đây, chúng tôi mô tả các khái niện cơ bản của RNA và các yếu tố khác biệt về cấu trúc, cũng như một số kỹ thuật tính toán mềm được phát triển để dự đoán cấu trúc bậc hai của RNA. Trong bài báo này, chúng tôi trình bày các kết quả nghiên cứu về việc sử dụng thuật toán ACO (Ant Colony Optimization) đã cải tiến để dự đoán cấu trúc bậc hai RNA, đồng thời đưa ra hướng nghiên cứu tiếp theo cần giải quyết.
Từ khóa
Tải về trích dẫn
Endnote/Zotero/Mendeley (RIS)BibTeX
-
[1] M. Neethling and A.P. Engelbrecht (2006), “Detennining rna secondary structure using set-based particle swann optimization”, IEEE Congress on Evolutionary Computation, pp. 6134-41.
[2] Q. Liu, X. Ye, and Y. Zhang (2006), “A hopfield neural network based algorithm for rna secondary structure prediction”, Proc. oj the First International Multi-Symposiums on Computer and Computational Sciences (IMSCCS'06), pp. 1-7.
[3] Baxevanis A.D., Francis Ouellette B. F. (Eds) (2005), Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins, 2nd edition. CRC Press, Taylor & Francis Group.
[4] V. Batenburg, A. P. Gultyaev, and C. W. A. Pleij (1995), “An APL-programmed genetic algorithm for the prediction of RNA secondary structure”, Journaloj Theoritical Biology, vol. 174, no. 3, pp. 269-280.
[5] Doan Duy Binh (2010), “Application of Meta-heuristic algorithm for a search of shortest path”, University of Da Nang Journal of Science and Technology, 5(40)/2010 (1): 9-16
[6] Marco Dorigo, Thomas Stűtzle (2004), Ant Colony Optimization, Massachusetts Instituteof Technology.
[7] Rivas E, Eddy SR. (1999), “A dynamic programming algorithm for RNA structure prediction including pseudoknots”. J. Mol. Biol 1999, 285:2053-2068.
[8] Shapiro B., Navetta J. (1994), “A massively parallel genetic algorithm for RNA secondary structure prediction”. The Journal of Supercomputing.vol.8,195–207
[9] Shapiro B.A., Wu J.C., Bengali D. and Potts M.J. (2001) “The massively parallel genetic algorithm for RNA folding: MIMD implementation and population variation”. Bioinformatics. 17. 137-148.
[10] Freier, S. M., Kierzek, R., Caruthers, M. H., Neilson, T. & Turner, D. H. (1986), Biochemistry 25, 3209-3213.
[11] Mahmoud ElHefnawi and Mohamed Mysara (2012), Recurrent Neural Networks and Soft Computing, Janeza Trdine 9, 51000 Rijeka, Croatia.