Trong thời gian qua, sự phát triển dân số và các hoạt động kinh tế đã có những tác động không nhỏ đến chất lượng nước lưu vực sông Vu Gia - Thu Bồn, trong đó việc khai thác khoáng sản và xây dựng các hồ thuỷ điện trên lưu vực sông là những ví dụ điển hình. Nghiên cứu này dựa trên việc phân tích số liệu đo hàng ngày lưu lượng nước và khối lượng bùn cát lơ lửng của sông Thu Bồn tại trạm thủy văn Nông Sơn trong giai đoạn 1996-2018. Các kết quả chỉ ra rằng trong giai đoạn quan trắc, lưu lượng nước dao động từ 224 đến 494 m³/s và khối lượng bùn cát dao động từ 0.23 đến 5.22 triệu tấn/năm. Mặc dù khối lượng bùn cát phụ thuộc chặt chẽ vào điều kiện thủy văn nhưng khi các hồ chứa trên lưu vực sông đi vào hoạt động thì khối lượng bùn cát đã giảm đáng kể. Cụ thể là sau năm 2010 (thủy điện Sông Tranh 2 đi vào hoạt động), khối lượng bùn cát tại trạm Nông Sơn giảm mạnh từ 2.07 triệu tấn/năm xuống còn khoảng 1.14 triệu tấn/năm. Điều đó cho thấy tác động mạnh mẽ của các hồ chứa lên tải lượng phù sa tự nhiên của sông Thu Bồn, gây ảnh hưởng đến quá trình bồi đắp ở vùng hạ lưu, xói mòn vùng cửa sông và cân bằng hệ sinh thái trên toàn lưu vực sông.